Boven de hoofdingang, op de galerij, staat het orgel. Dit orgel is gebouwd in 1754 en is mogelijk gebouwd door Pieter en/of Christian Mülle. De kast is uitgevoerd in Rococo-stijl. Oorspronkelijk was het een instrument met een manuaal met ingehangen pedaal. Rond 1850 werd het door de Alkmaarse orgelbouwer Ypma veranderd. In 1957, in 1976 en in 2017 werd het orgel gerestaureerd door de firma Flentrop. In 2018 na een grote inbraakschade werd het orgel weer helemaal hersteld.
Wilt u bijdragen aan ons prachtige orgel? Stort een gift op: NL06 INGB 0007189067 t.n.v. Orgelfonds Lutherse Kerk Alkmaar.